Mit den beiden Organen Vorstand und Aufsichtsrat hat die freenet AG entsprechend ihrer Rechtsform eine zweigeteilte Leitungs- und Überwachungsstruktur.

Der Aufsichtsrat – als unabhängiges Überwachungsorgan der Aktiengesellschaft – berät den Vorstand bei der Leitung des Unternehmens und überwacht dessen Geschäftsführung in dem von Gesetz, Satzung und Geschäftsordnung gesetzten Rahmen. Er ist dabei gesetzlich dem Unternehmensinteresse verpflichtet.

In Entscheidungen von grundlegender Bedeutung für das Unternehmen ist der Aufsichtsrat unmittelbar eingebunden. Er stimmt mit dem Vorstand auch die strategische Ausrichtung der Gesellschaft ab und erörtert mit ihm regelmäßig den Stand der Umsetzung der Geschäftsstrategie. Zu den weiteren Aufgaben des Aufsichtsrats gehören die Bestellung bzw. Abberufung von Vorstandsmitgliedern, die Festlegung der Vergütung des Vorstands sowie die Feststellung des Jahresabschlusses.

Der Aufsichtsrat kann einen oder mehrere Ausschüsse bilden, die bestimmte Arten von Geschäften und deren Beschlussfassungen vorbereiten und die Ausführung der jeweiligen Beschlüsse überwachen. Diese gesetzlich eingeräumte Möglichkeit hat der freenet Aufsichtsrat wahrgenommen. Zu den Aufgaben der Ausschüsse und ihrer Tätigkeit im Berichtsjahr hat der Aufsichtsrat in seinem Bericht ausführlich Stellung genommen.

Nach dem deutschen Mitbestimmungsgesetz besteht der Aufsichtsrat der freenet AG aus 12 Mitgliedern und setzt sich paritätisch aus jeweils sechs Vertretern der Aktionäre sowie der Arbeitnehmer zusammen. Den Aufsichtsratsvorsitz führt Maarten Henderson.